
Зоологический музей функционирует на правах одного из отделов Музея ННГУ, начавшего свою работу в городе в 1975 году. История же самого Зоологического музея начинается гораздо раньше – от Зоологического отдела Кунсткамеры, основанного в 1728 году. Являясь подразделением университета, все годы работы Зоологический музей предоставлял свои экспонаты для проведения учебных занятий и научно-исследовательской работы, но, одновременно, и принимал экскурсантов «со стороны». Так, ежегодно посетителями музея становятся до 200 тысяч жителей и гостей Нижнего Новгорода.
Основная экспозиция Зоологического музея, посвященная современной фауне Земли, демонстрирует представителей всех групп животных – от одноклеточных (в основном, в виде муляжей) до птиц и млекопитающих. В основе расположения экспонатов лежит принцип систематизации, что позволяет сформировать у посетителей четкое представление о ходе эволюции животного мира и степени родства животных. Например, в Костном зале музея показаны примеры эволюции позвоночных животных на основе изменения строения скелета.
Истории самого музея посвящена экспозиция под названием «Зоологический музей в истории Московского университета: коллекции и люди», расположенная в одном из коридоров здания.